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         2012年開始的營業稅改增值稅（以下簡稱"營改增"）是國家的一項重大稅制改革。交通運輸業作為試點行業之一，是此項改革的先行者和試驗田。兩年多的實踐證明，改革對于交通運輸業持續健康發展，起到了積極的促進作用，但也顯現出諸多問題，相關政策需要進一步完善。"營改增"主要問題
　　（一）物流各環節增值稅稅率不統一，不利于現代物流一體化發展。目前的增值稅仍沿用營業稅的做法，在稅目上將物流業務劃分為"交通運輸服務"和"物流輔助服務"，增值稅率分別為11%和6%。實際上，各項物流業務上下關聯，很難區分開"交通運輸服務"和"物流輔助服務"。提供綜合物流服務的企業，由于兩種服務增值稅率、發票均不同，需要人為分割服務項目，否則，將按11%的稅率從高納稅。稅目、稅率上對物流業務進行的分割一定程度上阻礙了現代物流的一體化運作和一站式服務。
　　（二）進項抵扣范圍較窄，一定程度上增加了企業負擔。一方面，"營改增"試點政策規定，試點之前購置的固定資產已征稅款不能納入進項抵扣范圍。交通運輸業存量固定資產多，大型交通運輸設備（如車輛、船舶等）投入大，沉淀成本高，更新周期長。此規定在一定程度上造成了企業稅負的增加。同時，雖然"營改增"有利于提高企業試點后更新改造設備的積極性，但對試點前購置固定資產的企業不是十分公平，特別是對試點前新近購置了大量固定資產的企業確實顯失公平。另一方面，路橋通行費、過閘費、保險費、建筑業等尚未納入"營改增"試點，這些支出在企業的成本結構中占有相當的比例，卻享受不到增值稅進項抵扣政策，增加了企業負擔。特別是港口、碼頭等基礎設施，投入巨大，能否享受抵扣政策，對企業的影響非常大。
　　（三）交通運輸行業尚不完全適應增值稅稅制。一是交通運輸行業特別是公路運輸業骨干企業比重小，運輸規模化、組織化程度低，在一定程度上影響了企業購買運輸設備的能力和需求。二是公路貨運及旅游客運、水路運輸行業普遍存在掛靠經營、承包經營模式，被掛靠或發包企業不掌握掛靠或承包企業成本情況，相關成本費用無法實現進項稅額抵扣。三是交通運輸企業專業化分工程度低，普遍存在"大而全"或"小而全"的情況，部分可通過外包方式增加進項稅額抵扣的費用支出被內部化了（如維修費用等），無法抵扣。四是目前運力大于運量，運輸經營者之間存在惡性競爭，加之交通運輸行業處于產業鏈末端，話語權較弱，使得交通運輸企業議價能力總體偏弱，因"營改增"增加的稅負難以通過價格手段向外傳導。（四）交通運輸企業內部管理尚不適應改革要求。主要體現在內部管理不夠規范、不夠精細，導致企業未能充分享受改革紅利。（五）稅收征管方式有待改進。一是稅務部門對增值稅發票數量、限額等的限制與實際需求不符。二是部分地區存在征管政策標準不統一的情況，造成同業不同稅，不利于公平競爭。三是稅改的配套政策還不到位。相關政策建議（一）統一物流業各環節稅率。《國務院辦公廳關于促進物流業健康發展政策措施的意見》（國辦發〔2011〕38號）明確提出，"要結合增值稅改革試點，盡快研究解決倉儲、配送和貨運代理等環節與運輸環節營業稅稅率不統一的問題"。通過"營改增"將"交通運輸服務"與"物流輔助服務"稅率統一起來，既是落實國務院發展現代物流業的要求，也是現代物流業一體化發展的內在需要。（二）加快擴大"營改增"試點行業范圍。盡快將建筑安裝、金融保險、不動產租賃等行業納入"營改增"試點，解決行業間稅負不平衡的問題。（三）進一步擴大進項稅額抵扣范圍。可以借鑒1994年增值稅改革做法，對試點實施前購置的存量固定資產（車輛、船舶等大型交通運輸設備）已征稅款允許分期抵扣；也可以借鑒本次稅改對提供經營租賃服務的一般納稅人的做法，允許其使用存量固定資產取得的收入采用簡易計稅方式計算繳納增值稅。該兩種做法，無論借鑒哪一種，都能切實減輕交通運輸業稅負，都能更加體現稅收政策的公平性。（四）優化財政扶持政策。財政扶持政策對確保交通運輸行業"營改增"試點平穩有序推進至關重要。財稅部門要繼續保留、完善，并出臺全國統一的扶持政策，統一扶持時間、扶持主體、補貼標準，簡化程序，企業因為此次稅改增加的附加稅支出應一并納入財政扶持范圍。（五）規范增值稅征收管理。國家有關部門應加強對各地財稅部門的指導，統一征管標準，避免各地財稅部門因為對政策的理解差異造成執行差異。同時，加強調研，更加深入地了解"營改增"實施過程中的問題，并采取切實有效的措施解決問題。